"Uzimajući u obzir težinu zločina koji im se stavljaju na teret, ulogu koju je svaki od optužnih igrao u njima... tužiteljstvo predlaže sudu da ih, u slučaju da ih proglasi krivima po svim točkama optužbe, osudi na kaznu doživotnog zatvora", navodi se u završnom podnesku tužitelja objavljenom dan uoči iznošenja trodnevnih završnih riječi u predmetu "Stanišić-Simatović" u Den Haagu. "Kao ključni pripadnici udruženog zločinačkog pothvata Stanišić i Simatović su ubijali, deportirali, prisilno preselili i prognali tisuće nesrba tijekom gotovo pet godina s velikih područja Hrvatske i BiH. Bili su nezamjenjivi u uspješnoj provedbi zajedničkog plana zločinačkog pothvata koji je s područja koja su bila njihov cilj uglavnom ispraznio nesrbe koji su tamo živjeli u 1990."
U podnesku se pojašnjava da tužiteljstvo predlaže izricanje kazni doživotnog zatvora unatoč postojanju "značajnih olakotnih okolnosti" zbog toga što je "težina zločina i šteta koju su ti zločini nanijeli tolikim nevinim civilima tako velika, tako nepopravljiva i tako nepotrebna da u značajnoj mjeri prevladava nad bilo kakvim olakotnim okolnostima". Olakotne okolnosti su njihova uloga u oslobađanju zatočenih pripadnika UN-a u ljeto 1995. ili Stanišićeva konstruktivna uloga u Daytonskim mirovnim pregovorima. Tužiteljstvo tereti Stanišića i Simatovića da su sudjelovali u udruženom zločinačkom pothvatu kojemu je cilj bio uklanjanje većine nesrba iz velikih dijelova Hrvatske te BiH od 1991. do 1995.
U tom pothvatu bili su uz dvojicu optuženih, bivši jugoslavenski predsjednik Slobodan Milošević te vođe bosanskih i hrvatskih Srba Ratko Mladić, Radovan Karadžić, Biljana Plavšić, Milan Martić, Goran Hadžić i Milan Babić, vođa srpskih radikala Vojislav Šešelj i zapovjednik paravojnih postrojbi Željko Ražnatović Arkan. Zločine su, po optužnici, u Hrvatskoj i BiH počinile jedinice SDB-a, odnosno postrojbe i paravojne formacije koje je stvorila SDB ili je pomogla njihovu stvaranju. Među tim jedinicama su i "Crvene beretke", "Škorpioni", "Tigrovi" Željka Ražnatovića Arkana, "Knindže", pripadnici Martićeve policije, kao i milicija tzv. SAO Slavonije, Baranje i zapadnog Srijema.
Optužnica u pet točaka tereti Stanišića i Simatovića za zločine protiv čovječnosti i povrede ratnog prava i običaja počinjene na području Hrvatske i BiH progonom, ubojstvima, deportacijama i drugim nečovječnim djelima. Dvojica optuženih su, kako se navodi u optužnici, pomogla da se otvori centar za obuku paravojnih jedinica u Golubiću kod Knina, a kasnije i drugi centri za obuku po Hrvatskoj i BiH. Prema optužnici oni su "rukovodili financiranjem, obukom, logističkom podrškom i drugim vrstama velike pomoći i podrške specijalnim jedinicama državne sigurnosti Republike Srbije i drugim srpskim snagama koje su sudjelovale u zločinima u Hrvatskoj i BiH".
Među zločinima koji su počinjeni na području Hrvatske nad civilima i zarobljenicima optužnica navodi niz ubojstava počinjenih tijekom 1991. na području Dubice, Cerovljana, Baćina, Saborskog, Škabrnje, Bruške, Dalja i Erduta te od 1992. do 1995. u BiH u Bijeljini, Zvorniku, Bosanskom Šamcu, Doboju i Sanskom Mostu. Naknadnim proširenjem optužnice u ožujku 2006. njih se dvojicu dodatno tereti za likvidaciju šestorice Bošnjaka iz Srebrenice koje su 1995. počinili "Škorpioni" koji su svoje zlodjelo zabilježili video-kamerom. Iako je tijekom suđenja tužiteljstvo odustalo od optužbi za pokolj na Ovčari tužitelji dvojicu i dalje terete za progon nesrpskog stanovništva s područja tzv. SAO Slavonije, Baranje i zapadnog Srijema, a što uključuje i Vukovar. Izvođenje dokaza na suđenju završeno je krajem svibnja prošle godine.
