Obrana je u listopadu na žalbenom ročištu zatražila poništavanje presude kao neutemeljene zbog brojnih pravnih i činjeničnih pogrešaka, a tužitelji su tada poručili da je ta presuda primjerena njegovim zločinima. Obrana je tada poručila kako smatra da se Perišićevo pružanje pomoći vojsci bosanskih Srba da vodi rat ne može izjednačiti s pomaganjem zločina počinjenih u tom ratu.
Haški sud je u rujnu 2011. godine većinom glasova proglasio Perišića krivim i osudio ga na kaznu od 27 godina zatvora za pomoć i podržavanje višegodišnje opsade i terora na civilima u Sarajevu i ubojstava tisuća muslimana u Srebrenici, kao i za propuste u kažnjavanju potčinjenih zbog raketiranja Zagreba, ali je oslobođen odgovornosti za zločin istrebljenja u Srebrenici jer su suci smatrali da nije mogao predvidjeti razmjere pokolja u Srebrnici u srpnju 1995.
Većina sudaca utvrdila je da su djela generala Perišića značajno pridonijela zločinima koje je počinila vojska bosanskih Srba. U pogledu raketiranja Zagreba u svibnju 1995. Perišićeva obrana u žalbi je napisala kako sud na temelju izvedenih dokaza nije mogao utvrditi da su počinitelji toga zločina bili podređeni Perišiću.
Tužiteljstvo je ocijenilo da je kazna koju je raspravno vijeće izreklo Perišiću primjerena s obzirom na ključnu ulogu koju je imao u ratnim događajima.
Perišić koji je iskoristio mogućnost da se obrati žalbenom vijeću kazao je da je prvostupanjskom presudom drastično kažnjen zbog vođenja rata, iako ni rat ni pomaganje drugima u ratu nisu nezakoniti. Perišić je u pritvor haškoga suda dobrovoljno stigao 7. ožujka 2005., a do početka suđenja 2. listopada 2008. vrijeme je proveo na privremenoj slobodi.
