U optužnici koju je glavno državno odvjetništvo iz Karlsruhea krajem svibnja podiglo protiv Josipa Perkovića, bivšeg visokog dužnosnika jugoslavenske Službe državne sigurnosti te kasnije u neovisnoj Hrvatskoj i ministarstva unutarnjih poslova, predbacuje da je planirao i organizirao ubojstvo Stjepana Đurekovića. "U tu svrhu optuženi je stupio u kontakt sa svojim doušnikom Krunoslavom P. (Pratesom) koji je bio blizak Stjepanu Đurekoviću i čije je povjerenje uživao.
Nakon što je optuženi svog doušnika uputio u planove o ubojstvu Đurekovića, odlučili su za mjesto ubojstva odabrati garažu u Wolfratshausenu pokraj Muenchena u vlasništvu Krunoslava P. Nakon toga je Krunoslav P. optuženom predao kopiju ključa garaže koju je ovaj, direktno ili preko posrednika, dostavio počiniteljima ubojstva. S ovom kopijom ključa počinitelji su neopaženo ušli u garažu gdje su 28. srpnja 1983. dočekali Đurekovića te ga usmrtili s nekoliko hitaca iz vatrenog oružja te udarcima tupim predmetom po glavi", stoji u optužnici.
U optužnici drugooptuženom Zdravku Mustaču od kraja srpnja stoji da je optuženi od 1982. do 1985. obnašao dužnost voditelja bivše jugoslavenske tajne službe SDS i da je kao takav bio pretpostavljeni djelatniku SDS-a Josipu Perkoviću. "Najvjerojatnije na proljeće 1982. optuženi je, također optuženom, Josipu P. (Perkoviću) izdao nalog za planiranje i pripremu ubojstva jugoslavenskog oporbenog političara Stjepana Đurekovića", stoji u optužnici u kojoj se zatim, kao i u optužnici protiv Perkovića, opisuje slijed događaja koji je kulminirao Đurekovićevim ubojstvom. U slučaju ubojstva Stjepana Đurekovića njemačko pravosuđe već je 2008. na doživotnu kaznu zatvora osudilo hrvatskog državljanina Krunoslava Pratesa.
Već tijekom tadašnjeg suđenja, koje se zbog, kako je to tada priopćio viši zemaljski sud u Muenchenu, otezalo dvije godine zbog nesuradnje pravosudnih organa u Hrvatskoj, Bosni i Hercegovini i Srbiji, spominjalo se ime Josipa Perkovića i Zdravka Mustača. U presudi Pratesu koji je, na kraju osuđen zbog suučesništva u ubojstvu a ne pomaganja u ubojstvu kako je prvobitno stajalo u optužnici, spominju se i mogući razlozi ubojstva Stjepana Đurekovića. "Je li optuženi bio upoznat s činjenicom da je pravi motiv ubojstva Đurekovića osobne prirode, tj. da je Đureković bio važan svjedok u procesu zbog malverzacija, između ostalog, i protiv sina budućeg predsjednika predsjedništva SFRJ Mike S. (Špiljka), nije poznato", stoji u presudi Pratesu od 16. srpnja 2008.
Tijekom suđenja Pratesu postavljena je teza kako je Đureković ubijen zbog spoznaja o navodnoj umiješanosti Vanje Špiljka, sina kasnijeg predsjednika predsjedništva Jugoslavije Mike Špiljka, u malverzacije oko financijskog poslovanja naftne tvrtke INA u kojoj je Stjepan Đureković do odlaska u Njemačku radio kao direktor marketinga. Presuda Pratesu se najvećim dijelom zasnivala na svjedočanjima glavnih svjedoka optužbe Vinka Sindičića i Bože Vukušića, kao i na opširnim analizama jugoslavenskog političkog sustava i funkcioniranja obavještajne službe. Ova dva svjedoka se spominju i kao mogući svjedoci u predstojećem procesu protiv Perkovića i Mustača.
Tadašnji predsjednik sudskog vijeća Bernd von Heintschel-Heinegg je u izjavi koju je nedavno dao za Hinu objasnio kako i dalje stoji iza toga da je Sindičić vjerodostojan svjedok unatoč činjenici da je službeno povukao svoje svjedočenje u procesu protiv Pratesa i tomu što ga obrana Josipa Perkovića, zbog agentske prošlosti i odležane kazne zbog pokušaja ubojstva hrvatskog emigranta Nikole Štedula, smatra nepodobnim svjedokom.
