Dosadašnja primjena Zakona o poljoprivrednom zemljištu pokazala je da postoje brojne zapreke koje usporavaju proces raspolaganja putem prodaje, zakupa i dugogodišnjeg zakupa poljoprivrednim zemljištem u vlasništvu države te je Zakon trebalo izmijeniti i dopuniti kako bi se ti postupci ubrzali.
Također, Ustavni sud Republike Hrvatske u postupku ocjene suglasnosti Zakona s Ustavom, na sjednici održanoj 30. ožujka 2011. donio je Odluku, broj: U-I-763/2009 i dr. kojom se ukidaju članci 15. i 16., članak 25. stavci 1., 2. i 3. i članci 81., 82., 83., 84. i 85. Zakona o poljoprivrednom zemljištu.
Stoga je odredba članka 25. Zakona usklađena s navedenom Odlukom Ustavnog suda na sljedeći način: za poljoprivredno zemljište koje se na dan stupanja na snagu Novele Zakona nalazi izvan granica građevinskog područja, a koje je nakon izmjene prostornog plana obuhvaćeno granicama građevinskog područja, mijenja se visina naknade za utvrđivanje promjene namjene sa 50% na 5%, odnosno sa 100% na 10% za osobito vrijedno (P1) i vrijedno obradivo (P2) poljoprivredno zemljište, kao i promjena namjene poljoprivrednog zemljišta izvan granica građevinskog područja.
Novelom Zakona potpunije se regulira informacijski sustav podataka o poljoprivrednom zemljištu, njegovo održavanje i zaštita te korištenje, promjena namjene poljoprivrednog zemljišta i naknada za istu, raspolaganje poljoprivrednim zemljištem u vlasništvu Republike Hrvatske, Agencija za poljoprivredno zemljište, te nadzor nad provedbom Zakona o poljoprivrednom zemljištu. Nadležnost Ministarstva kod raspolaganja poljoprivrednim zemljištem u vlasništvu Republike Hrvatske prenosi se na Agenciju za poljoprivredno zemljište.
Promijenjene su i odredbe koje se odnose na sadržaj Programa raspolaganja poljoprivrednim zemljištem u vlasništvu Republike Hrvatske koje donose jedinice lokalne samouprave na način da su dodane površine za zakup zajedničkih pašnjaka i zajedničkih pašnjaka u zaštićenim područjima određene za zakup.
Ono što je vrlo bitno napomenuti jest to da su promijenjeni kriteriji prvenstvenog prava kupnje ili zakupa poljoprivrednog zemljišta u vlasništvu države.
Utvrđeno je što se smatra zajedničkim pašnjacima te da ih Agencija za poljoprivredno zemljište daje u zakup na rok od 20 godina pašnjačkoj zajednici koja mora biti organizirana kao zadruga. Pašnjaci i livade u zaštićenim područjima daju se u zakup uz uvjete i mjere zaštite na prijedlog javne ustanove koja upravlja tim područjem.
Isto tako, promijenjeni su kriteriji prvenstvenog prava za dugogodišnji zakup poljoprivrednog zemljišta u vlasništvu države.
Promijenjen je i postupak za raspolaganja ribnjacima, te se njima umjesto koncesije raspolaže putem dugogodišnjeg zakupa, jer su ribnjaci poljoprivredno zemljište sukladno članku 3. Zakona o poljoprivrednom zemljištu.
Umjesto dosadašnjih deset godina, za minirano poljoprivredno zemljište koje je dano u dugogodišnji zakup, ne plaća se zakupnina za prvih četrdeset godina.
Izmijenjene su i dopunjene odredbe u vezi poslova Agencije za poljoprivredno zemljište te su dopunjene kaznene odredbe u vezi praćenja stanja poljoprivrednog zemljišta u vlasništvu države i provođenja analize tla.
Novelom Zakona reguliran je status poljoprivrednog zemljišta koje je obraslo višegodišnjim raslinjem na način da se ono ne smatra poljoprivrednim zemljištem, a šumsko zemljište u vlasništvu države koje je po svom uporabnom svojstvu poljoprivredno zemljište izdvojit će se iz šumskogospodarskih planova prema Zakonu o šumama i uvrstiti u Program općine ili grada na čijem se području nalazi. Prijelaznim i završnim odredbama propisana je, konačno, obveza usklađenja Uredbe, Statuta i drugih općih akata Agencije s odredbama Novele Zakona.