Može se čuti i sve više kritika upućenih ustavnosti nekih odredbi toga Zakona (posebice članku 22.). Osim toga, svi sudionici u prometu nekretninama (kupci, prodavatelji, javni bilježnici, agenti za nekretnine, gruntovničari itd.) dobili su doslovce glavobolju, jer su se našli u zrakopraznom prostoru, odnosno u neznanju kako Zakon provesti u praksi. To se moglo čuti i na mnogim savjetovanjima koja su od ljeta organizirana na temu novina u području gradnje.
Nedavno je Ministarstvo zaštite okoliša, prostornog uređenja i graditeljstva dalo određena pojašnjenja odredbi navedenog Zakona, kao i Zakona o izmjenama i dopunama Zakona o prostornom uređenju i gradnji (NN br. 90/11), koje je uputilo Ministarstvu pravosuđa 28. rujna 2011. (Klasa: 360-01/11-01-01/218 Urbroj: 531-01-11-1), a Ministarstvo pravosuđa dalje proslijedilo svim općinskim sudovima u Republici Hrvatskoj.
Jedno od pitanja koje se postavlja u primjeni Zakona o postupanju s nezakonito izgrađenim zgradama je i broj etaža koje se mogu legalizirati. Tako je člankom 4. Zakona propisano da se pod uvjetima i u postupku propisanom tim Zakonom ozakonjuje i nezakonito izgrađena zgrada koja u pogledu namjene, veličine ili smještaja na čestici nije izgrađena u skladu s prostornim planom koji važi na dan stupanja na snagu Zakona (dalje: nezakonito izgrađena zgrada protivno planu), ako je njezino ozakonjenje u skladu sa stavkom 3. istoga članka, ako ozakonjenje nije isključeno člankom 5. Zakona te ako su izdane potvrde javnopravnih tijela i suglasnost stranke propisane ovim Zakonom. Na nezakonito izgrađenoj zgradi izgrađenoj protivno planu može se, protivno prostornom planu, ozakoniti najviše dvije etaže od kojih je druga potkrovlje, osim ako odlukom predstavničkog tijela jedinice lokalne samouprave nije određen veći broj etaža.
Iz dosadašnjih tumačenja predstavnika Ministarstva zaštite okoliša, prostornog uređenja i graditeljstva (dalje: Ministarstvo) odredba da se može ozakoniti „najviše dvije etaže od kojih je druga potkrovlje“ znači da se na zatečenoj zgradi koja je izgrađena protivno prostornom planu do 21. lipnja 2011. godine tako da u pogledu broja etaža ima dvije etaže od kojih je druga potkrovlje više od onog broja etaža koji je dozvoljen prostornim planom, mogu te dvije etaže ozakoniti.
Nadalje, pojam „dvije etaže od kojih je druga potkrovlje“ se:
- odnosi na najviše dvije tako izvedene etaže, a ne odnosi se na etaže koje bi se mogle izvesti sukladno prostornom planu,
- odnosi na izvedene dvije etaže više od planom dozvoljenih etaža, a ne odnosi se na zgradu koja ima dvije etaže - prizemlje i potkrovlje (P+Pk),
- odnosi na najviše dvije etaže od kojih je druga potkrovlje, a ne odnosi se na dvije etaže od kojih je druga potkrovlje više u odnosu na broj etaža određen prostornim planom,
- ne odnosi na dvije pune etaže (2 kata), od kojih druga nije potkrovlje,
- može odnositi na jednu podzemnu etažu – podrum ili suteren.
Jedinica lokalne samouprave može donijeti odluku, koja će se sukladno članku 4. stavku 4. primjenjivati samo u postupcima ozakonjenja, a kojom će se odrediti mogućnost ozakonjenja i većeg broja etaža od onog koji je omogućen u članku 4. stavku 3. Zakona i to za nezakonito izgrađene zgrade unutar jednog ili više građevinskih područja i/ili izvan građevinskih područja na svom teritoriju (npr. Odluka o broju etaža koje se mogu ozakoniti na nezakonito izgrađenoj zgradi). Takva odluka predstavničkog tijela jedinice lokalne samouprave uređuje jedan od uvjeta za ozakonjenje nezakonito izgrađenih zgrada protivno prostornom planu u pogledu broja etaža koje se mogu ozakoniti više od onog broja koji dozvoljen odredbom članka 4. Zakona, što znači da se tom odlukom suspendira primjena određenog prostornog plana u vezi s uvjetom broja etaža određenog tim planom.
Dakle, tom odlukom jedinica lokalne samouprave ne može mijenjati i druge odredbe svog prostornog plana radi omogućavanja ozakonjenja nezakonito izgrađenih zgrada unutar građevinskog područja. Osim toga tom odlukom jedinica lokalne samouprave ne može mijenjati niti Zakonom propisanu odredbu članka 4. stavka 3. da se mogu ozakoniti dvije etaže od kojih je druga potkrovlje u odnosu na broj etaža određen u prostornom planu, primjerice ako je u prostornom planu uređenja općine ili grada dozvoljeno 4 etaže, ne može se tom odlukom jedinice lokalne samouprave odlučiti da se peta etaža ne može ozakoniti.
Na kraju je bitno naglasiti sljedeće – ako predstavničko tijelo ne donese odluku o broju etaža koje se mogu ozakoniti na nezakonito izgrađenoj zgradi u roku od 60 dana od dana stupanja na snagu Uredbe o naknadi za zadržavanje nezakonito izgrađenih zgrada u prostoru (NN, br. 101/11), odnosno do 15. studenoga 2011., tada će se moći na nezakonito izgrađenoj zgradi ozakoniti najviše dvije etaže od kojih je jedna potkrovlje više u odnosu na prostorni plan.